《中國(guó)出生缺陷防治報(bào)告(2012)》顯示,我國(guó)出生缺陷發(fā)生率在5.6%左右,每年新增出生缺陷數(shù)約90萬(wàn)例。產(chǎn)前遺傳病檢查通常使用產(chǎn)前遺傳病檢測(cè)設(shè)備及相關(guān)配套的體外診斷試劑注冊(cè)產(chǎn)品,一般包括全基因組測(cè)序、通過(guò)基因芯片檢測(cè)染色體、進(jìn)行單基因疾病檢測(cè)等項(xiàng)目。
《中國(guó)出生缺陷防治報(bào)告(2012)》顯示,我國(guó)出生缺陷發(fā)生率在5.6%左右,每年新增出生缺陷數(shù)約90萬(wàn)例。產(chǎn)前遺傳病檢查通常使用產(chǎn)前遺傳病檢測(cè)設(shè)備及相關(guān)配套的體外診斷試劑注冊(cè)產(chǎn)品,一般包括全基因組測(cè)序、通過(guò)基因芯片檢測(cè)染色體、進(jìn)行單基因疾病檢測(cè)等項(xiàng)目。
產(chǎn)前遺傳學(xué)檢測(cè)技術(shù)簡(jiǎn)介
出生缺陷是導(dǎo)致早期流產(chǎn)、死胎、圍產(chǎn)兒死亡、嬰幼兒死亡和先天殘疾的主要原因,不但嚴(yán)重危害兒童生存和生活質(zhì)量,也會(huì)造成巨大的壽命損失和社會(huì)經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。
近年來(lái)我國(guó)高齡孕產(chǎn)婦數(shù)量增長(zhǎng),染色體異常等嚴(yán)重出生缺陷的生育風(fēng)險(xiǎn)也相應(yīng)增加,產(chǎn)前診斷是預(yù)防出生缺陷的有效方法。根據(jù)國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)《產(chǎn)前診斷技術(shù)管理辦法》,產(chǎn)前診斷技術(shù)項(xiàng)目包括遺傳咨詢(xún)、醫(yī)學(xué)影像、生化免疫、細(xì)胞遺傳和分子遺傳等。本文將對(duì)產(chǎn)前遺傳學(xué)相關(guān)的一些檢測(cè)方法進(jìn)行介紹。
一、G顯帶染色體核型分析
目前,G顯帶染色體核型分析技術(shù)仍然是細(xì)胞遺傳學(xué)診斷的金標(biāo)準(zhǔn),核型分析是對(duì)羊水細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng)、制片,然后分析細(xì)胞分裂中期染色體,該方法能夠全面分析染色體,對(duì)于所有染色體數(shù)目異常,較明顯的易位、倒位,較大的缺失和重復(fù)都能檢出。但該技術(shù)具有細(xì)胞培養(yǎng)耗時(shí)長(zhǎng)、技術(shù)操作復(fù)雜,對(duì)人員要求較高且取材時(shí)間受限,還有培養(yǎng)失敗和制片效果不佳的可能性,尤其對(duì)染色體嵌合現(xiàn)象難以做出解釋?zhuān)@是因?yàn)橹衅诜至严嗟臄?shù)目較少,往往不能提供足夠的細(xì)胞來(lái)計(jì)數(shù)。此外,核型分析分辨率為5-10Mb,不能檢出5Mb以下的亞顯微結(jié)構(gòu)異常。
二、熒光原位雜交分析(FISH)
熒光原位雜交技術(shù)是利用堿基互補(bǔ)的性質(zhì),將熒光素標(biāo)記的探針與組織、細(xì)胞核或染色體DNA進(jìn)行雜交,對(duì)細(xì)胞中待測(cè)核酸進(jìn)行定性、定位及定量,將染色體復(fù)雜和細(xì)微的畸變或基因突變清楚顯現(xiàn)的細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)。該檢測(cè)無(wú)需細(xì)胞培養(yǎng),分析周期短,靈敏度和特異度均較高,可快速檢出胎兒常見(jiàn)染色體非整倍體異常,從而解決染色體核型分析診斷周期長(zhǎng)、培養(yǎng)不確定性等問(wèn)題,此外FISH還可分辨一些微小缺失及復(fù)雜易位,彌補(bǔ)常規(guī)以及高分辨染色體顯帶技術(shù)以及人眼分辨的局限性,提高分辨精度,擴(kuò)大檢測(cè)范圍。
根據(jù)2020年《產(chǎn)前熒光原位雜交技術(shù)專(zhuān)家共識(shí)》,F(xiàn)ISH技術(shù)的產(chǎn)前應(yīng)用指征為:1.無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)提示13、18、21和性染色體數(shù)目異常,需進(jìn)一步明確診斷者;染色體異常嵌合的診斷,對(duì)嵌合比例做出較為準(zhǔn)確的判斷。2.FISH與核型分析的聯(lián)合應(yīng)用,對(duì)所有具備侵入性細(xì)胞遺傳學(xué)產(chǎn)前診斷指征的胎兒進(jìn)行檢測(cè)。3.對(duì)于孕周過(guò)大、染色體核型分析細(xì)胞培養(yǎng)失敗或其他原因不能行細(xì)胞遺傳學(xué)產(chǎn)前診斷者。4.FISH與其他分子遺傳學(xué)診斷技術(shù)聯(lián)合應(yīng)用時(shí),可同時(shí)采用FISH獲得13、18、21、X、Y等染色體數(shù)目的信息。
FISH能夠檢測(cè)染色體上有限的已知位置,不能對(duì)染色體進(jìn)行全局分析,其結(jié)果會(huì)存在假陽(yáng)性和假陰性,需與核型分析或其他檢測(cè)技術(shù)結(jié)合。
三、染色體微陣列分析(CMA)
染色體微陣列分析技術(shù),又稱(chēng)“分子核型分析”,是一種高分辨率的全基因組染色體變異檢測(cè)技術(shù),主要包括基于微陣列的比較基因組雜交(aCGH)和單核苷酸多態(tài)性微陣列(SNP array),能夠在基因組水平進(jìn)行掃描,對(duì)非整倍體和不平衡性染色體重排的檢出效率與傳統(tǒng)核型方法相同,且能發(fā)現(xiàn)額外的有臨床意義的基因組CNV,可檢測(cè)染色體不平衡的拷貝數(shù)變異,尤其對(duì)于檢測(cè)染色體組微小缺失、重復(fù)等不平衡性重排的具有突出優(yōu)勢(shì)。aCGH能夠檢測(cè)染色體非整倍體異常和染色體微小微小拷貝數(shù)變異,但不能檢測(cè)單親二倍體(UPD)、雜合性缺失(LOH)、平衡重排(易位、倒位)、三倍體和低比例嵌合體;SNP array除可檢測(cè)染色體非整倍體異常和染色體微小拷貝數(shù)變異外,還可檢測(cè)UPD、LOH、三倍體,可靠的檢測(cè)≥30%的嵌合體及進(jìn)行血緣關(guān)系遠(yuǎn)近分析。
2013年美國(guó)婦產(chǎn)醫(yī)師協(xié)會(huì)發(fā)布染色體微陣列分析在產(chǎn)前診斷中應(yīng)用的實(shí)踐指南,建議在產(chǎn)前超聲發(fā)現(xiàn)胎兒有一個(gè)或多個(gè)結(jié)構(gòu)異常的孕婦行介入性產(chǎn)前診斷時(shí),推薦使用染色體微陣列分析,可取代核型分析。2014年《染色體微陣列分析技術(shù)在產(chǎn)前診斷中應(yīng)用專(zhuān)家共識(shí)》提出涉及CMA技術(shù)的產(chǎn)前診斷技術(shù)路線(xiàn)建議對(duì)產(chǎn)前超聲檢查發(fā)現(xiàn)有胎兒結(jié)構(gòu)異常的患者先行胎兒染色體核型分析和快速產(chǎn)前診斷,如結(jié)果異常,則可直接發(fā)放診斷報(bào)告。如結(jié)果正常,則應(yīng)進(jìn)一步行CMA技術(shù)檢測(cè),對(duì)重要的CMA異常結(jié)果,應(yīng)采用FISH技術(shù)對(duì)其進(jìn)行驗(yàn)證。
CMA已是成熟應(yīng)用的高分辨染色體分析技術(shù),然而較高的成本與較低的通量在一定程度上限制了CMA的大規(guī)模應(yīng)用,CMA技術(shù)也存在一些問(wèn)題,表現(xiàn)在CMA檢測(cè)結(jié)果的臨床意義判讀能力不足等,此外,采用不同的CMA檢測(cè)平臺(tái)以及不同分辨率的芯片,對(duì)同一胎兒樣本,也可能會(huì)得出不同的檢測(cè)結(jié)果。
四、基因組拷貝數(shù)變異測(cè)序(CNV-seq)
基于下一代測(cè)序技術(shù)的拷貝數(shù)變異測(cè)序提供了產(chǎn)前診斷的新手段,可進(jìn)行染色體非整倍體檢測(cè)。與核型分析、CMA技術(shù)相比,具有檢測(cè)范圍廣,通量高,操作簡(jiǎn)便,兼容性好,所需DNA樣本量低等優(yōu)點(diǎn)。
2019年《低深度全基因組測(cè)序技術(shù)在產(chǎn)前診斷中的應(yīng)用專(zhuān)家共識(shí)》明確CNV-seq在產(chǎn)前診斷過(guò)程中,建議將CNV-seq技術(shù)與熒光定量PCR(QF-PCR)或者短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)檢測(cè)進(jìn)行聯(lián)合應(yīng)用,QF-PCR或STR可對(duì)樣本的母源污染情況進(jìn)行判斷,確保檢測(cè)反映胎兒的真實(shí)情況。
CNV-seq也有諸多局限,如無(wú)法檢測(cè)三倍體及多倍體;無(wú)法發(fā)現(xiàn)染色體相互易位,倒位等染色體平衡性結(jié)構(gòu)重排,也無(wú)法區(qū)分游離型三體和異位型三體,建議結(jié)合核型分析進(jìn)行診斷;檢測(cè)提示性染色體拷貝數(shù)異常時(shí),為明確是否為嵌合體以及細(xì)胞系組成情況,建議進(jìn)一步行熒光原位雜交檢測(cè)等。
五、相關(guān)產(chǎn)品的監(jiān)管考慮
各種新技術(shù)的發(fā)展應(yīng)用為產(chǎn)前診斷帶來(lái)了新局面,但是各種檢測(cè)技術(shù)都有相對(duì)的優(yōu)缺點(diǎn),檢測(cè)結(jié)果的復(fù)雜性和遺傳咨詢(xún)的難點(diǎn)持續(xù)存在,基于目前醫(yī)學(xué)知識(shí)的局限性,專(zhuān)業(yè)人士也難以判斷所有檢出變異的臨床意義。
鑒于產(chǎn)前遺傳學(xué)診斷檢測(cè)產(chǎn)品的復(fù)雜性,技術(shù)審評(píng)存在諸多難點(diǎn),初步總結(jié)可對(duì)以下幾個(gè)方面進(jìn)行考量:
一是對(duì)臨床應(yīng)用場(chǎng)景的進(jìn)一步規(guī)范。目前專(zhuān)家共識(shí)認(rèn)為CMA技術(shù)可用于超聲檢查異常,核型檢查正常的孕婦。CNV-seq則更進(jìn)一步推薦對(duì)于有產(chǎn)前診斷指征的孕婦,在充分知情的前提下,可作為一線(xiàn)產(chǎn)前診斷方法。但是對(duì)于產(chǎn)品預(yù)期用途的確定,除了方法本身的一些局限性和產(chǎn)品應(yīng)用的樣本類(lèi)型外,還需著重考慮 CMA/CNV-seq檢測(cè)在臨床醫(yī)療實(shí)踐過(guò)程中的定位,確定合適的臨床預(yù)期用途和適用人群。
二是臨床確認(rèn)的難點(diǎn)。首先是參比方法的選擇,針對(duì)產(chǎn)品設(shè)計(jì)合理的臨床驗(yàn)證,選擇合適的對(duì)比方法是產(chǎn)品申報(bào)中的難點(diǎn)。其次,陽(yáng)性病例相對(duì)獲得難度較大。此外,該技術(shù)臨床試驗(yàn)操作過(guò)程復(fù)雜,對(duì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)及專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員的資質(zhì)要求較高,具體可參考相應(yīng)指南要求。
三是對(duì)結(jié)果解讀的規(guī)范。基于全基因組CNVs檢測(cè)的結(jié)果復(fù)雜性,以及對(duì)各種變異臨床意義認(rèn)識(shí)的局限性,并考慮為遺傳咨詢(xún)提供有效信息,規(guī)范相關(guān)檢測(cè)報(bào)告。